Takamiya Honoka est un étudiant régulier dont le seul problème semble être qu'il côtoie Kagari Ayaka, la beauté n ° 1 de l'école. Ils ne se sont jamais parlé avant et toute petite interaction entre eux a immédiatement pour résultat que son fanclub le bat. Pourtant, lorsqu'une partie en chute libre de l'école est sur le point de l'envoyer dans l'au-delà, c'est Kagari qui vient à son secours. Seulement ... elle est habillée en sorcière, la portant dans ses bras et flottant sur un balai ?! Kagari lui dit que c'est sa mission de le protéger et que maintenant elle peut enfin le protéger ouvertement plutôt que sous couverture.

Un jour, une ville est anéantie. Yuki est une jeune femme qui serait la seule survivante de cette fameuse ville après sa destruction et Takuya un homme solitaire. Ensemble, avec la lettre laissée par le père de Yuki, ils se mettent en route vers cette ville, maintenant appelée Lost, mais des obstacles inattendus se dressent sur leur chemin. Les pensées des défunts, des mystérieuses organisations secrètes et des conspirations les attendent alors qu'ils se rapprochent du mystère derrière Lost.